Le musée a été redessiné entre 2002 et 2004 par l'architecte japonais Yoshio Taniguchi. Il s'étend désormais de la 53e à la 54e Rue (entre la Cinquième Avenue et Sixième Avenue). La surface d'exposition est d'environ 11 600 m²[2]. L'architecte voulant «lier le passé au présent», quelques éléments, dont la façade de Philip Johnson de 1964 et le jardin de sculpture, ont été préservés et intégrés dans l'architecture du nouveau bâtiment qui privilégie les circulations.

Le P.S. 1 Contemporary Art Center, situé dans le Queens est affilié au MoMA depuis 2000.