C 'est en 1770 que fut créé le Cabinet d'Histoire Naturelle au sein de l'université historique de Perpignan . Devenu muséum, il siège depuis 1900 dans l'hôtel Zagarriga (XVIIIème siècle). Plusieurs érudits et donateurs ont contribué à l'étude et au développement de ses collections : Luis Companyo, premier conservateur de statut municipal de 1840 à 1871, François Arago, Charles Deperet, Albert Donnezan, Joseph Passama, Eugène Boluix...

Le muséum présente 350 m² d'exposition permanente : animaux raréfiés ou disparus des Pyrénées-Orientales, oiseaux sédentaires et migrateurs, corvidés, rapaces nocturnes et diurnes), grands mammifères, faune pyrénéenne, invertébrés (arthropodes) et coralliaires, minéraux, crocodiles, objets ethnologiques océaniens et africains, ainsi qu'une momie égyptienne de la XXIIIème dynastie dans son sarcophage offerte en 1847 par Ibrahim Pacha après une cure thermale à Vernet-les-Bains.

Les réserves (pièces d'ostéologie humaine, dont un crâne éburne, et comparée, cétacés, mollusques, oiseaux, insectes, herbier, fossiles, roches et minéraux) peuvent être consultées sur rendez-vous.